地球に帰り着いた星野鉄郎を待ち受けていたのは、機械化人とわずかに生き残った人間との血みどろの戦いだった。老パルチザンのもとで鉄郎もまた武器をとって戦う。そんなある日、メーテルからのメッセージが届く。『鉄郎、スリーナインに乗りなさい・・・』鉄郎は再び９９９に乗り、果てしない宇宙へと旅立った。昔とすっかり変わった９９９号は、今や完全にオート・コンピューター化され、車内には機械の身体をもつ新しいウエイトレス、メタルメナが乗っていた。やがてたどりついた最初の停車駅があるラーメタル星。そこは、メーテルの生まれ故郷であった。その星でミャウダーという若者と出会い深い友情を結んだ鉄郎は、信じられない噂を聞く。「メーテルこそプロメシューム。メーテルがプロメシュームの跡を継いだんだ。」（TVアニメ動画『さよなら銀河鉄道999 』のwikipedia・公式サイト等参照）