引き揚げに成功した沈没船から多くの資材を得たガルガンティア。船体そのものの修復も始まるなか、旧文明の記録媒体が発見される。そこにはマシンキャリバーの祖となる戦闘機械の記録が残されていた。破滅を前にしても争い続けた人類の姿は、レドの心に影を落とす。一方、改修を繰り返すガルガンティアは物資不足に悩まされ、人々の疲労もピークに達していた。対策を求められたリジットは、海上貿易拠点『竜宮城』への寄航を決定する。慰労施設もかねた竜宮城で思い切り羽根を伸ばす船団住人たち。だが、平穏は長くは続かなかった。リーマがその本当の目的をあらわにし、レドとエイミーにある選択を突きつける。ガルガンティアに襲来する正体不明の船団。剥き出しの敵意に対し、リーマは強大な力を秘める謎の人型戦闘機械を起動させる。いくつもの思惑が交錯するなか、激烈な艦砲戦の火蓋が切って落とされた。深まる混迷の果てにレドが直面する、驚愕の真実とは。（TVアニメ動画『翠星のガルガンティア ～めぐる航路、遥か～ 後編』のwikipedia・公式サイト等参照）