1999年、長野県松代にある日本のピラミッド“皆神山”にそびえたつ私立ヴァルトシュタイン学院。ここでは何かに引きつけられたかのように次々とオカルト現象が起こる。故に「オカルト学院」と呼ばれている。学長はオカルトの研究に人生をかけ、生徒たちも日々学業と研究に励んでいる。ある日父である学長が亡くなり、オカルトが大嫌いな一人娘の神代マヤが学院を訪れる。そこで2012年から来たと言う自称“タイムエージェント”で元・スプーン曲げ少年として名を馳せた内田文明と出会う。学院の中で起こる様々な怪奇現象に遭遇しながら、文明が1999年にタイムスリップしてきた真相が徐々に明らかになる。（TVアニメ動画『世紀末オカルト学院』のwikipedia・公式サイト等参照）