飛行するシェルター『イクシア』は、異星勢力ドラクターへの反撃のため、伝説の地『サンクチュアリ』を目指す。一方、シェルターに入れなかった人々は、地上の集落『ソロン』で生きていた。そこで、アーシェムは苦境に負けず強く生きる人々に出会い、二つの星をひとつにするという希望に向かって動き始める…。地球人と異星人、ひとりひとりの想いが交錯し、新たな出会いと別れを経て、この世界の全貌が明らかになっていく。ドラクター内で起きた革命による、新たな波乱の幕開け。そして、シェルターイクシアを待ち受ける現実…。更に巨大にて強大な敵を前に、ローグもまた進化を遂げる。（TVアニメ動画『メガトン級ムサシ シーズン2』のwikipedia・公式サイト等参照）