海堂高校をやめた吾郎は、野球部のない聖秀高校に編入。吾郎は「打倒、海堂！」実現のため、少ない男子生徒を誘い、新しく野球部を作ろうと奮闘する。ところがクラスメートの藤井、田代たちは、野球なんて興味ナシ！そこで吾郎が考えた、野球部に入ってもらうための方法とは…。苦労の末、野球部新設は学校に認められ、吾郎と7人の男子全員が形の上では野球部のメンバーに。しかし今度は、野球部の顧問・山田先生がチームに次々と試練を課す。そして吾郎3年生の春、新入生・大河が9人目のメンバーとして野球部に入部。聖秀ナインは、吾郎にとって最後となる夏の大会を目指す！果たして吾郎と聖秀ナインは、厳しい神奈川予選を勝ち上がり、かつての仲間・寿也や眉村を擁する史上最強の海堂高校を倒すことができるのか！？（TVアニメ動画『メジャー 第３シリーズ』のwikipedia・公式サイト等参照）