キャプテン・ハーロックが率いる海賊船アルカディア号。ハーロックが行き先を指示しないので、正や螢、ヤッタランたち40人の仲間たちは困っていた。同じ頃、孤児のまゆが地球でオカリナを吹いていた。その笛の音に呼応するかのように、アルカディア号は自力で地球へと向かう。そして、ハーロックはまゆを艦内へと導く。そんな中、海の墓場と呼ばれるサルザック海から信号が入る。向かったアルカディア号に襲いかかったのは、地球の切田長官が指揮するジェット機の切田編隊。すると、突如海底から空母、戦艦など軍艦の群れが、ズラリと浮上する。何と武蔵、蒼龍、高雄といった名だたる戦艦たちだ。切田編隊に向けて艦砲射撃を始めたため、切田編隊は遁走。続いてアルカディア号に向けて攻撃を始める。必死の応戦を続けるアルカディア号は、この攻撃をなんとか打ち破る。続いて、アルカディア号はドーム状の巨大な物体を発見する。その中に突っ込んでいくと、中には魔女アマンが立っていた。正の死んだ父の仇だ。銃で撃とうとするとアマンから七色の光線が放たれる。のけぞる正。ハーロックも剣を抜き、斬りかかるものの、アマンに逃げられてしまう。何故か急に睡魔に襲われるアルカディア号の一同。彼方のアルカディア号が動き出し、主砲で魔女アマンを打ち砕く。そして、アルカディア号はドームを破って脱出した。まゆの吹くオカリナの音がただ宇宙空間に響き渡っていた。（TVアニメ動画『宇宙海賊キャプテンハーロック　アルカディア号の謎』のwikipedia・公式サイト等参照）