宇宙の彼方から地球へと飛来した謎の侵略者“総裁X”は、その脅威の力によって特殊なミュータントである忠実な僕“ベルクカッツェ”を誕生させる。そしてカッツェを首領として秘密結社ギャラクターを組織し、地球征服作戦を開始した。一方、国際科学技術庁の南部博士はギャラクターに対抗するため、密かに編成していた少年少女による特殊部隊“科学忍者隊”を招集。大鷲の健、コンドルのジョー、白鳥のジュン、燕の甚平、みみずくの竜ら五人のメンバーは南部博士の指令のもと、大型戦闘偵察機“ゴッドフェニックス”に乗り込み出動する。超越した悪魔のような科学力を用い、巨大な鉄獣メカを操って世界の平和を脅かすギャラクター。人類を破滅へと導く“V2計画”、そして“ブラックホール作戦”とは如何なる計略か? 地球の命運を賭け、科学忍者隊とギャラクターの戦いの火蓋が切って落とされた。（TVアニメ動画『劇場版『科学忍者隊ガッチャマン』』のwikipedia・公式サイト等参照）